К основным объектам охраны относятся следующие экосистемы заповедника:

Болота и плавни

Около 70% территории заповедника занимают болота, которые делятся на вейниково-осоковые, осоковые, пушицево-осоковые и крупнотравные. Последние состоят из тростника южного и дикого риса, аира обыкновенного и рогозов. Травяные болота занимают наиболее пониженные участки Приханкайской низменности.

Влажные луга

Подразделяются на два типа: сырые и влажные. Вейниковые луга занимают до 30% от площади всех лугов. Они распространены преимущественно на болотистых почвах.

Разнотравные луга

Разнотравные луга, занимающие по площади 5-20%, распространены по средним течениям рек, на почвах с умеренным увлажнением и хорошим дренажем.

Песчаное побережье

Основные песчаные косы сосредоточены на западном побережье озера (участок "Сосновый").

Озерное сообщество

Водная акватория занимает 15 % от территории заповедника. Она имеет обширные подводные луга - место обитания дальневосточной черепахи и нереста различных видов рыб.

Широколиственный лес

Леса занимают всего около 1% территории заповедника, причём распространение лесной растительности носит фрагментарный характер. На возвышенностях имеется низкопроизводительный древостой из дуба монгольского с участием липы, бархата амурского, ясеня маньчжурского, ильма и осины. Древние и современные береговые валы в большинстве случаев покрыты ивняками с участием вышеперечисленных и некоторых других древесных пород.